За последно стражът се разписа от дузпа при загубата на своя тим Черноморец от Ботев /Пловдив/ в турнира за Купата на България преди 3 години. Това не помогна на бургазлии да продължат в турнира и те отпаднаха с 2:1 в осминафиналa пред повече от 7000 зрители на стадион "Христо Ботев" в Пловдив. Домакините откриха чрез Николай Домакинов десетина минути преди края на първата част, докато бяха с човек по-малко на терена. Вратарят на гостите Стоян Колев изравни от дузпа близо четвърт част преди края на сблъсъка, но след това Йордан Христов подпечата победата за домакините.

Стоян Колев има 71 изиграни мача за Черноморец Бургас, като 5 от тях са в турнира за Купата на България, има и един отбелязан гол именно срещу "канарчетата".

Първоначално бе планирано Колев да продължи да бъде резерва на Якуб Дивиш в ЦСКА до края на календарната година. В крайна сметка обаче е било взето решение сливналията да окачи ръкавиците на пирона и да се съсредоточи изцяло върху новата си длъжност.

Колев започва своята професионална футболна кариера в едноименния отбор на родния си град Сливен, в който играе от 1994 г. до 1997 г. От 1998 г. до 2000 г. играе в пловдивския Локомотив.През 2001 Аспарух Никодимов го взима в ЦСКА. Колев прекарва кратък престой под наем в Берое и през 2002 е избран за титуляр от Стойчо Младенов. Колев бързо се превръща в основна фигура и стига до националният отбор. Печели титлата през 2003 и е избран за вратар на сезона от в-к "Труд".

Участва на Евро 2004, където е трети вратар. През лятото на 2004 се връща в Локомотив /Пловдив/, където остава до 2008. През 2008 разтрогва с отборът и преминава в румънския Оцелул. Избран е за вратар номер 3 на румънският шампионат през сезон 2008/09. 

В началото на 2010 преминава в бургаския Черноморец. Първоначално е резерва на Паскал Борел, а от 2011 е първи вратар. Избран е за вратар на годината за 2011. През сезон 2011/12 не допуска гол от 25 септември 2011 г. до март 2012 г., т.е. 870 минути. Освободен е на 16 юни 2013 г. След като се завърна в ЦСКА миналото лято, той бе трети вратар след Райс М'Боли и Томаш Черни, като пази само в един мач. Става въпрос за вечното дерби, играно на 15 май и спечелено с 1:0 от "червените".