През 1910 г. Стефан Илич заедно с група съученици от Роберт Колеж (Цариград) основават в Бургас спортен клуб "Стрела".
В периода 1918 - 1919 г. СК "Стрела" се разраства и това налага промяна в организацията. През август 1919 г. е учреден спортен клуб, който по предложение на Стефан Илич е наречен "Черноморец". Първи председател на клуба става Стефан Илич.
Клубът е основан на 1 август 1919 г. под името "Черноморец". През 1921 г. към "Черноморец" се присъединява "Олимпиец" (основан 1920 г.). През 1929 г. "Черноморец" се обединява с "Чеган" (създаден 1927 г., след обединението на "Ботев" - основан 1921 г. и "Нова стрела" - основан 1921 г.), под името "ЧЧ - 29". През 1930 г. "ЧЧ - 29" сменя името си на "Черноморец".
През 1945 г. клубът е закрит от БКП. След като е закрит "Черноморец", през 1945 г. в Бургас остават 3 клуба - "Левски", "Ботев" и "Славия". "Левски" и "Ботев" се обединяват под името "ЛБ-45". През 1946 г. "ЛБ-45" се обединява със "Славия" под името "Любислав". През 1949 г. се създават Доброволните спортни организации, които съществуват до 1956 г. В Бургас те са 11: "Миньор", "Червено знаме", "Спартак", "Локомотив", "Динамо", "Ударник", "Строител", "Урожай", ДНА, "Септември" и "Торпедо". След като се закриват Доброволните спортни организации, в Бургас през 1957 г. са създадени 2 клуба - "Левски" и "Черноморски спортист". През 1958 г. "Левски" и "Черноморски спортист" се обединяват под името "Ботев".
През 1968 г. за да се възродят историята и традициите на "Черноморец", по идея на спортния журналист и деятел Стефан Вълчев, който е бивш футболист на "Черноморец", "Ботев" (създаден 1958 г., след обединението на "Левски" и "Черноморски спортист" - създадени 1957 г.) сменя името си на "Черноморец".
През 2005 г. "Черноморец" е в криза и изпада в аматьорскате футболни групи, а ръководството отказва да преговаря за продажбата на клуба. Тогава, за да се продължат историята и традициите на клуба, е създаден общински футболен клуб "Черноморец 919".
През лятото на 2005 година в град Бургас, е учреден общински футболен клуб (ОФК) Черноморец 919. По това време съществува Черноморец 1919 (собственост на Ивайло Дражев), който изпада от "Б" група и двата отбора се засичат във "В" футболна група.
След приключването на съдебната регистрация на ОФК Черноморец 919 е предприет опит за сливане с Вихър 2000 (Айтос), но той не е успешен и двата отбора продължават да се развиват самостоятелно. Не се стига дори до продажба на лиценза от страна на Вихър, но въпреки това "акулите" заемат мястото им в югоизточната "В" футболна група, докато айтозлии остават в "А" областна. Треньор на бургазлии по това време е Диян Петков.
На спортния терен ПСФК "Черноморец" Бургас жъне успехи и само за две години (2005-2007) извървява пътя от "В" до "А" футболна група. През юни 2006 г. отборът спечелва Аматьорската футболна купа, след като на финала на стадион "Васил Левски" побеждава Бенковски (Костинброд) с 4:0.
През август 2006 година след решение на бургаския общински съвет за обединение на съществуващите спортни бази в община Бургас, ОФК Черноморец 919 се преструктурира в АД и преименува на ПСФК Черноморец Бургас, започва да играе на стадион "Лазур", а президент на отбора става Митко Събев (президент и на Нафтекс играещ в същата "Б" футболна група). Димитър Димитров - Херо е треньор на "акулите".
През сезон 2007/08 Черноморец завършва на 6-то място в елита и придобива правото да представя България в европейския турнир Интертото Къп. В 1-ия кръг от турнира Черноморец отстранява словенския Горица след 1:1 у дома и победа с 2:0 в Словения. В следващия кръг обаче бургазлии допускат две загуби с 0:3 и 0:1 от швейцарския Грасхопер и отпадат от последното в историята издание на Интертото Къп.
През декември 2008 година ПСФК "Черноморец" Бургас обявява амбициозен план за развитие, според който до пет години отборът трябва да стане шампион на България. За треньор е назначен Красимир Балъков. През юли 2010 година , след различия между собствениците на "Петрол" АД клубния бюджет е силно намален, а много от служителите са освободени.
В следствие на намaления бюджет на 6 декември 2010 година Красимир Балъков и екипа му са освободени от Черноморец по взаимно съгласие. Втората половина на сезон 2010/11 е кошмарна за Черноморец и той се срива до осмо място. През това време за няколко месеца на треньорското място се сменят Антон Велков и Георги Василев. На 30 май 2011 година Митко Събев назначава за старши-треньор отново Димитър Димитров - Херо. Той привлича предвид намалените финансови възможности предимно футболисти със свободен трансфер, сред които се открояват Жужу, Асис, Шаешу и Боли, а Черноморец постига в края на сезон 2011/12 най-доброто си класиране в историята на клуба - 4-то място в А група с реални шансове за Лига Европа. След промяна на правилата за класиране в Лига Европа от страна на БФС клубът не се класира. След края на сезон 2013/14 Черноморец изпада след 7 години в А група.
| | |||||||||||||||||