Нови археологически находки бяха намерени в църквите Св. Йоан Кръстител и Св. Архангели Михаил и Гавраил в Стария Несебър. Целта на археологическите проучвания в Св. Йоан Кръстител е да се разкрият основите на църквата, след което те да бъдат укрепени. По този начин ще се спре разцепването на църквата, процес, който в последните години видимо се засили. Мястото на което е издигната църквата през Х век дълго време преди това е било съсредоточие на религиозния култ. Тук през края на IV - началото на III в.пр.Хр. е бил построен езически храм. Останки от него бяха открити в югозападния ъгъл на църквата. Той е граден от добре обработени, големи каменни блокове, поставени плътно един до друг, без спойващ разтвор. Все още не е установено на кое божество от езическия пантеон е бил посветен храма. В края на IV - началото на V в.сл.Хр., след налагането на християнството като държавна религия в Римската империя тук на мястото на езическия храм е построен християнски такъв. От него е разкрит част от баптистерия (постройка, обикновено долепена до църквата, където се е извършвало Светото Кръщение). В края на V-VI век е построена трикорабна едноапсидна базилика. Нейният пълен план тепърва предстои да бъде установен. Тя частично разрушава баптистерия на по-ранната църква. През Х век базиликата е разрушена, като голяма част от строителния материал от нея е използван при строителството на новата кръстокуполна църква "Св. Йоан Кръстител". Мраморни сполии (преизползвани материали) могат да се видят в носещите стълбове на църквата и по фасадите, а мраморните колони са украсявали двора на църквата. В по-голямата си част новата църква използва основите на по-старата. Разминаване има единствено при централната и северната абсида, където са се образували големи пукнатини, застрашаващи целостта на сградата. По време на проучванията са проучени до сега 38 гроба от три времеви периода - VI-VII век, ХIII-XIV и XVI-XIX век. Интерес представлява един надпис открит в църквата, в който се споменава, че тук е погребан капитан-лейтенант Полозов, от руския императорски флот, служил на корветата "Олга". Тя е взела участие в руско-турската война от 1828-1829 година, завършила с разгромна победа на Русия. По време на тази война Месемврия е превзета от руските войски. За съжаление само Гърция в резултат от нея получава политическа автономия, довела по-късно до образуването на независима гръцка държава, докато положението на българите остава непроменено и дори се влошава след изтеглянето на руските войски от Балканския полуостров. Голяма част от християнското население на Месемврия се изтегля заедно с руските войски, страхувайки се от репресии на турците. Вследствие на това градът запада до началото на ХХ век, когато тук се заселват бежанци от Егейска Македония.
Св. Архангели Михаил и Гавраил Църквата е построена през XIII век. Археологическите проучвания са съсредоточени в двора северно от църквата. Тук на площ от около 40 квадратни метра са проучени за сега 28 гроба от 2 времеви периода - XIII-XIV и XVI-XVII век. Интерес предизвикват два гроба. Първият от тях е гроб на дете от XIV век, погребано в ковчег, залят от горе с вар. Това се е практикувало при жертви на чумни епидемии, като по този начин се е целяло да се спре разпространението на заразата. Все още не е установено коя точно от няколкото вълни на чумни епидемии през XIV век е покосила и част от жителите на средновековна Месемврия.
Вторият гроб е от XVII век. При него в лявата част на гръдния кош, с острие между ребрата е открит железен нож. Вариантите се два. Това да е криминален случай, т.е. погребаният индивид да е бил убит и поставен с ножа в гроба, или ножът да е бил забит след смъртта на погребания с цел предотвратяване на завръщането му сред живите - т.нар "вампирясване". Последните няколко дни се очертаха и гробове вероятно по-ранни от XIII век, косвено доказателство, че и църквата "Св. Архангели Михаил и Гавраил" е построена върху по-ранна църква. Тяхното проучване предстои.
Археологическите проучвания през лятото на 2013 по проекта "Вяра в Несебър" са съсредоточени в две църкви - ‚Св. Йоан Кръстител" и "Св. Архангели Михаил и Гавраил". Археологическият екип включва Тодор Марваков, Музей "Старинен Несебър" и д-р Мартин Гюзелев и Константин Господинов от РИМ - Бургас, като финансирането е осигурено от община Несебър и Музей "Старинен Несебър".