За първи път културни останки на Шилото се споменават от Павел Делирадев, който пише буквално: "на самия хълм има следи от малко селище, крепост или светилище със заличени от времето белези". Това кратко описание дава основание за множество научни догадки.
През 60-те години на миналия век обектът е значително разрушен от военните, които изграждат там ракетна площадка, склад за горива и смазочни материали, укрития. За около тридесет години те променят до голяма степен формата на хълма, като заравняват билото му. В началото на 90-те Шилото е демилитаризирано, но досега там не е провеждана теренна работа от специалисти. Въпреки това в РИМ - Бургас чрез дарения и откупки са постъпили интересни артефакти, открити на хълма - фрагменти от оброчни релефи на Тракийския конник - главното божество на траките от римската епоха до християнизацията, мраморна глава на жена, две мраморни ръце.
Най-значителната находка е откритата през 1994 г. еднометрова статуя на бог Аполон, която се намира в НИМ-София. В момента тя е на разположение на бургаските любители на древността в археологическата експозиция на РИМ - Бургас.
През 2008 г., след сигнал за извършване на нерегламентирани изкопни дейности, екип от Археологическия музей в Бургас посещава хълма, където сред изкопите от багер и булдозер са открити фрагмент от торс на крилато животно, част от основата на релеф на Трак
Следите от човешко присъствие на хълма Шилото със сигурност датират от класическата древност, когато регионът е бил под силното икономическо и културно влияние на античния черноморски полис Аполония. През римската епоха вече с голяма доза увереност може да се говори за светилищен център.
Разкопките на хълма Шилото се извършват с логистичната и финансова подкрепа на Община Бургас. Вече няколко години поред тя подпомага археологическите разкопки на други два големи обекта - Аква Калиде на Минералните бани и древната фортификационна система близо до Крайморие.
Разкриването и подходящото експониране на бургаските старини е важна част от общинската стратегията за развитие на туристическия продукт през следващите години.