Изпълнението на програмата започна с отварянето на две инвестиционни мерки: мярка 1.3 „Инвестиции на борда на риболовните кораби" от приоритетна ос 1 "Мерки за приспособяване на българския риболовен флот" и мярка 2.1 „Производствени инвестиции в аквакултурата" от приоритетна ос 2 „Аквакултура, риболов във вътрешни водоеми, преработка и маркетинг на продукти от риболов и аквакултура".
До момента по двете мерки са одобрени за финансиране 8 проектни предложения, а сключените договори за получаване на безвъзмездна финансова помощ по Оперативната програма са на стойност 5 428 562.40 лв.
На 1 октомври 2009 г. официално стартира и прилагането на приоритетна ос 4 „Устойчиво развитие на рибарските области" от ОПРСР.
До момента в Държавен вестник са обнародвани 13 наредби за условията и реда за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ със средства от Оперативната програма. Очаква се финализиране на цялостния процес по изграждане на нормативната база на национално ниво за прилагане на всичките 19 мерки от Оперативната програма.