От 2003 г. Ирена Пенчева работи в Държавен фонд "Земеделие". Стартира професионалното си развитие, като експерт в отдел "Европейски схеми", отговорен за управление на цялостния процес по оценка и договориране на проекти, финансирани по програма САПАРД. Участва в процеса на изграждане на организационната структура и на системите за управление и контрол при акредитацията на ДФ "Земеделие", като Разплащателна агенция на Р. България от Европейската комисия. В началото на 2010 г. е назначена за началник-отдел "Прилагане на мерките за развитие на селските райони", който е административното звено отговорно за финансовото усвояване на средствата по ЕЗФРСР по ПРСР, а от средата на 2011 г. е съветник на изпълнителния директор на ДФ "Земеделие".
Досега позицията зам.-директор на ИАРА се заемаше от Виолета Александрова, която е освободена от длъжност.