Пред пръскане с химични препарати и механично косене на езерото компетентните органи се спряха на най-ефикасния и природосъобразен метод, който предвижда естествено намаляване на водната растителност във водоема чрез използването на бял амур, който се храни с нея. За да има пълноценен ефект зарибяването трябва да се извършва в продължение на 5 години с екземпляри с размери над 300 г. Езерото Вая е уникален природен обект, обитаван от много видове защитени птици и затова не предполага използването на химикали и машини.
Биологичният метод изисква по-малко разходи и е с най-добър потенциал за дългосрочно управление на водната растителност. Най-ефикасен за борба с водната растителност е белият амур. Той се използва широко за контрол на растителността в канали, язовири, рибовъдни басейни и др. водоеми. Белият амур е бързорастящ вид, който в язовирите може да надхвърли тегло от 30-35 кг. и дължина над 1.20 м., а консумираните количества са от 50-60 % до около 2-3 пъти надвишаващи собственото му тегло.
В момента на екозона Вая е поставена охрана и видеонаблюдение. Допълнителен охранителен екип с лодка на ИАРА ще осигурява ежедневен контрол срещу бракониерски набези. Уловът в езерото е разрешен само за любители рибари - въдичари, но след изтичане на забраната за риболов през май. Изрично забранен е уловът с мрежи във водоема.
Растителността в езерата е полезна, когато покрива около 15-20 % от площта на водоемите. Тя представлява хранителен ресурс, среда за обитаване на рибите и източник на кислород във водата. Когато растителността нарасне започва да се конкурира с фитопланктона, който е част от хранителната верига на рибите, ограничава мястото за движение на рибите, намалява водната площ и е причината за възникване на замори при рибите.
Вая е най-богатото на сладководна риба езеро в страната и преди години се е ползвало за промишлен риболов.