Страни по Конвенцията за опазване на Черно море от замърсяване са шестте държави от Черноморския регион - България, Грузия, Румъния, Русия, Турция и Украйна. Седалището на постоянния й секретариат е в Истанбул, а председателството на Комисията се поема на ротационен принцип.
Международната комисия за опазване на р. Дунав е изпълнителният орган на Конвенцията за сътрудничество при опазването и устойчивото използване на р. Дунав, страни по която са 14 държави и Европейската комисия. Дейността й се подпомага от секретариат със седалище във Виена.
Оперативната работа на двете комисии се осъществява по електронен път, като е предвидена по една редовна годишна среща за приемане на решения.