Достоен за уважение и респект е нейният принос в утвърждаването на Бургаския свободен университет в най-тежките моменти от неговото развитие. Като Декан на Юридическия факултет от 1998 до 2004 година, член на Академичния съвет и на Общото събрание, тя неведнъж доказваше своята високоотговорна гражданска позиция, устойчивост и принципност при преодоляване на трудностите, съпътстващи развитието на Бургаския свободен университет. Със своя труд и професионализъм тя допринесе за развитието на Центъра по юридически науки и за структурното изграждане на висшето юридическо образование в България изобщо.
Като професор по административно право в Юридическия факултет на Бургаския свободен университет проф. Къндева стана носител на престижната европейска награда "Алена Бруновска" за 2003 година за превъзходство в преподаването на административните науки. Това е заслужено международно признание за забележителната й научна и преподавателска дейност.

С решение на Академичния съвет от 29.03.2013 г. по предложение на деканското ръководство на ЦЮН проф. д-р Емилия Къндева беше удостоена със званието "Почетен професор на БСУ". Церемонията по връчването на почетното звание трябваше да се състои на 23 май 2013 г. Решението на Академичния съвет беше признание за нейния принос към развитието и изграждането на юридическото образование, за авторитета и уважението на студентите и преподавателите, за нейния достоен научноизследователски и преподавателски път.
Академичното ръководство на БСУ, преподавателите, студентите, служителите изказват искрени съболезнования на семейството на проф. Къндева.